Научно-исследовательская деятельность Центра гендерной истории сосредоточена на проблеме соотношения гендера и власти; исторического опыта социальных трансформаций и конфликтов; истории семьи и гендерных отношений Западной Европы Средневековья и раннего Нового времени; влияния жанров на гендерные репрезентации; изменения моделей и форм гендерного поведения в конце Средневековья – начале Нового времени; гендерного воспитания и образования, его характера и способов; гендерного аспекта культурных практик Средневековья и раннего Нового времени, соотношения частного и публичного, частной жизни и публичной сферы в Средние века и раннее Новое время. Уделяется внимание междисциплинарным исследованиям, соотносящимся с гендерными проблемами, но выходящими за их рамки (изучение источников античных и средневековых авторов, реконструкции идей и понятий, а также биографий и социальных отношений). Центр выпускает журнал «Адам и Ева».