Теория исторического знания, историческое сознание, историческое время, интеллектуальная история, когнитивная история, цивилизационные представления, глобальная история, история России. Автор более 130 работ по названным темам.

• Ионов И.Н. Цивилизационное сознание и историческое знание: Проблемы взаимодействия / Отв. ред Л.П. Репина. Монография. М.: Наука, 2007.
• Ионов И.Н. Мировая история в глобальный век: Новое историческое сознание / Отв. ред. Л.П. Репина. Монография. М.: Аквилон, 2015.
• Ионов И.Н. Главы 2-4 // Реконструкции мировой и региональной истории. От универсализма к моделям межкультурного диалога. Коллективная монография. Под общ. ред. Л.П. Репиной. М.: Аквилон, 2017.
• Ионов И.Н. Глобальная история и изучение прошлого России // Общественные науки и современность. 2011, № 5; 2012, № 6; 2013, № 5; 2014, № 6. Серия статей.
• Ионов И.Н. Проблемы современной макроистории. Статьи 1, 2 // Диалог со временем. Альманах интеллектуальной истории. 2015. Вып. 50; 2016. Вып. 54. Серия статей.
• Ионов И.Н. Коррекция темпорального режима и проблемы теории истории. Статьи 1-3 //  Диалог со временем. Альманах интеллектуальной истории. 2019. Вып. 67. 2020. Вып. 70.  Вып. 75. Серия статей.
• Ионов И.Н. Раздел 1, Глава 3. «Вызовы глобализации и проблемы диалога»; раздел 2, глава 3 «Модернизация и коммуникативная асимметрия» // Цивилизационные вызовы во всемирно-исторической перспективе. Колл. монография / Под общ. ред. О.В. Воробьевой. М.: Аквилон, 2018.
• Ионов И.Н. Этапы глобализации и проблемы диалога цивилизаций // Цивилизации. Вып. 11. Диалог цивилизаций и идея культурного синтеза в эпоху глобализации / Отв. ред. А.О. Чубарьян. М.: Наука, 2017.
• Ионов И.Н. Конструируя образы российской цивилизации: взгляд снаружи и взгляд изнутри // Профессиональная идентичность и самосознание историка. К юбилею Л.П. Репиной / Серия «Профессия — историк». Вып. III / Под ред. О.В. Воробьевой. М.: ИВИ РАН. 2022.
• Ионов И.Н. «Процесс цивилизации»: унификация поведения и диверсификация идентичностей // Феномен унификации в истории / Отв. ред. Е.Н. Кириллова; Институт всеобщей истории РАН. М.: ИВИ РАН, 2019.
• Ионов И.Н. Цивилизационные представления в культурном трансфере // Цивилизации. Вып. 12: Трансферы в истории и теории цивилизаций / Отв. ред. и сост. О.В. Воробьева. М.: Наука, 2021.
• Ионов И.Н. Между универсализмом и уникальностью: культура, личность и познавательные стратегии историка // Профессия — историк. К юбилею Л.П. Репиной / Отв. ред. О.В. Воробьева. М.: Аквилон, 2017.
• Ионов И.Н. Трансформация исторических теорий на закате СССР и в постсоветский период // Общественные науки и современность. 2018. № 5.
• Ionov I. Historical Theories During the Decline of the Soviet Union and in Post-Soviet Russia // Social Sciences. Vol. 49. no 4.
• Ионов И.Н. Историческая теория среднего уровня и ее современное значение // Люди и тексты. Исторический альманах. 2015. Идея истории. К 100-летию М.А. Барга. М.:ИВИ РАН, 2016.
• Ионов И.Н. Глава 2. Историческая теория среднего уровня: познавательный идеал и современные формы макроистории // Историки в поисках новых перспектив. Колл. монография / Под общ. ред. З.А. Чеканцевой. М.: Аквилон, 2019.
• Ионов И.Н. Социальные рамки коллективной памяти и когнитивные проблемы исторического знания // Электронный научно-образовательный журнал «История». 2021. T. 12. Вып. 8 (106). Когнитивные науки и историческое познание.
• И.Н. Ионов. Часть 1. Глава 1. Нормативное умолчание и когнитивная история // Молчание и умолчание в истории: монография / Серия «Профессия – историк» / сост. и общ. ред. О. В. Воробьевой. – Москва : Институт всеобщей истории РАН, 2023.
• Ионов И.Н. Формы исторической памяти и проблемы идентификации // Историческая память и российская идентичность. Сборник статей. Отв. ред. В.А. Тишков, Е.А. Пивнева. М.: РАН, 2018.
• Ионов И.Н. Игры со временем: российские образы «другой Европы» // Общественные науки и современность. 2019. № 4.
• Ионов И.Н. Феномен пограничного сознания в России: подходы к изучению // Россия в мире: образы и грани взаимодействия. Сборник статей / Под ред. А.О. Чубарьяна. М.: Весь мир, 2019.
• И.Н. Ионов Цивилизационное государство: столкновение интерпретаций // Диалог со временем. Альманах интеллектуальной истории. Вып. 84. М.: Аквилон, 2023.
• Ионов И.Н. Смена темпоральных режимов и противоречивые образы национального // Уральский исторический вестник № 3 (76), 2022.
• Ионов И.Н. Опыт восприятия исторического времени и недовольство темпоральным режимом // Электронный научно-образовательный журнал «История». 2021. Т. Вып. 4 (102). Культура — наука — образование: проблемы и вызовы.
• Ионов И.Н. Историчность и универсальный эволюционизм // Диалог со временем. Вып. 65. М.: Аквилон, 2018.
• Ионов И.Н. Модернизация и коммуникативная асимметрия // Цивилизации. Вып. 10. Модернизация и цивилизационные вызовы XXI века. /  Отв. ред. А.О. Чубарьян. М.: Наука, 2015.