Научные интересы: интеллектуальная история, история искусства и культуры, социальная философия, философия истории, атрибуция неизвестных персонажей портретной живописи, фалеристика, военная история.

• Живописный детектив: Расследования и находки / Семён Экштут; Российская академия наук, Институт всеобщей истории. — М.: Кучково поле, 2018. — 446 с. : ил. — Тираж 1000 экз.
• Империи последние мгновенья: Театр марионеток в 16 картинах с прологом и эпилогом / Семён Экштут. — СПб.: Нестор-История, 2018. — 310, [1] с. : ил., портр. — Тираж 500 экз.
• «Нам общая слава России солдатской наградой была»: Наградная практика времён Великой Отечественной войны/ С. А. Экштут; Российская академия наук, Институт всеобщей истории. — СПб.: Нестор-История, 2019. — 286, [1] с., [8] л. цв. ил. : ил., портр. — Тираж 500 экз.
• Если выпало в Империи родиться / С.А. Экштут. — М.: Историческая литература, 2021. — 528 с.
• Сталин. Опыт осмысления / С.А. Экштут. — М.: Историческая литература, 2022. — 624 с.