Новая и новейшая история, имперская политика России в Туркестане, «мусульманский вопрос» в имперской политике России в Туркестане, европейцы в Туркестане, национальная политика советской власти в Республиках Центральной Азии, постсоветский Узбекистан, новая имперская история, источниковедение и публикация архивных документов

1. Государственная Дума Российской империи. Энциклопедия. Т. М.: РОССПЭН, 2006. (автор словарных статей)
2. Центральная Азия в составе Российской империи. М.: Новое литературное обозрение, 2008. (член авторского коллектива)
3. Туркестанское направление думской политики России в Туркестане (1905–1917 гг.). М.: РГУТиС, 2008. 216 с.
4. Первая мировая война. Энциклопедический словарь. М., 2014. (автор словарной статьи)
5. Наливкин В.П. Полжизни в Туркестане: биография, документы, труды // Отв. за выпуск Т.В. Котюкова. М.: Издательский дом Марджани, 2015. 876 с.
6. Российская историческая энциклопедия. Т. 3. М.: Олма медия групп, 2016. (автор словарных статей)
7. Цивилизационно-культурные аспекты взаимоотношений России и народов Центральной Азии в начале ХХ столетия (1916 год: уроки общей трагедии): Сб. докл. междунар. науч.-прак. конф. г. Москва, 18 сентября 2015 г. / Сост. и науч. ред. Т.В. Котюкова. М.: Издательский дом Марджани. 211 с.
8. Окраина на особом положении… Туркестан в преддверии драмы. М.: РОССПЭН, 2016. 391 с.: ил.
9. Восстание 1916 года в Туркестане: документальные свидетельства общей трагедии (сборник документов и материалов) / Сост., авт. предисл., вступ. статьи и коммент. Т.В. Котюкова. М.: Издательский дом Марджани, 2016. 468 с.
10. Туркестан в имперской политике России: Монография в документах / отв. ред. и автор Т.В. Котюкова. М.: Кучково поле. 2016. 880 c.
11. Восстания в Азиатской России в 1916 г.: неизвестное об известном. (К 100-летию Высочайшего повеления 25 июня 1916 г.) Коллективная монография / ред.-сост., науч. ред. и автор. Т.В. Котюкова. М., 2017. 528 с.
12. Оазисы Шелкового пути: современные проблемы этнографии, истории и источниковедения народов Центральной Азии: К 100-летию доктора исторических наук Балкис Халиловны Кармышевой, 2018: сб. науч. ст. / отв. ред. и сост. и автор Т.В. Котюкова. М.: Исламская книга, 2018. 846 с.
13. Эвакуация из Ленинграда Узбекскую ССР // Побратимы: коллективная монография / отв. ред. Ю.З. Кантор. – М.: РОССПЭН, 2019. С. 877–902. (член авторского коллектива)
14. Гзовский А. Социальная революция в Туркестане: полумесяц и красная звезда (туркестанские воспоминания); авт. вступ. ст. и коммент., науч. ред. Т.В. Котюкова. М.: ГАУГН-Пресс. 2020. 282 с.
15. Ислам в России и Евразии (памяти Дмитрия Юрьевича Арапова): коллективная монография / сост. и отв. ред. Т.В. Котюкова. СПб.: Алетейя, 2021. 658 с.
16. Несломленный народ. От общей победы к общей исторической памяти: коллективная монография / отв. составитель Т.В. Котюкова. М.: Издательство «Весь мир», 2021. 704 с.