Многогранная научная деятельность В.Д. Назарова включала такие направления, как история Российского государства, его политических и социальных институтов, их типология в европейском контексте; история средневековых корпораций и их роль в государстве и обществе; исторические судьбы удельных княжеств Руси и региональных княжеских домов; развитие форм землевладения и вотчинное право; конфликты и смуты; источниковедение и специальные исторические дисциплины.

В.Д. Назаров ввёл в научный оборот целый ряд российских и западноевропейских источников по истории России периода Средневековья и раннего Нового времени, а также неоднократно выступал организатором масштабных международных конференций и летних школ историков, вел активную деятельность по популяризации истории.

В.Д. Назарова отличал живой интерес к работам коллег и учеников, сочетавшийся с высочайшим профессионализмом и полемическим мастерством.